权军事委员会对党政军实行统一指挥.8月20日,《大本营国军作战指导计划训令》曾拟议成立大本营，统率陆海空军及指导全民抗战．以下成立第一至第六部及后方勤务、管理、卫生勤务等各部，作为办事机构。8月30日蒋介石决定，以军事委员会为抗战最高统帅部，不另设大本营,原大本营所属第一至第六部及管理部归军事委员会统辖。9月8日为整肃军队又成立军法执行总监部。设立国家总动员设计委员会，蒋介石兼主任。9月17日GMD中央常务委员会议决定，由军事委员会委员长行使陆海空军最高统率之权，并授权军事委员会对于党政实行统一指挥。在其之下，又相继设立农产调整委员会，以周作民为主任委员；工矿调整委员会，以翁文灏为主任委员；贸易调整委员会，以卢作孚为主任委员。11月又在3个委员会之下设立水陆运输联合办事处。是年11月26日GMD中央常务委员会会议通过《非常时期党政机构调整及人员疏散办法》，其中关于军事委员会的有：中央党部之组织、宣传、训练3个部暂归军事委员会指挥，其职掌与总动员委员会有关系者，归并国家总动员设计委员会办理．贸易调整委员会改隶行政院财政部，禁烟委员会改隶行政院内政部。所建6个部有的合并，有的取消，并由参谋总长拟订军事委员会其他单位机构调整办法。

1937年12月13日南京沦陷后．GM政府迁至武汉；1938年1月17日军事委员会又进行改组，将党政军分开。《修正军事

委员会组织大纲》规定，军事委员会为战时统辖全国军民作战，直隶GM政府；军事委员会委员长统率全国陆海空军，并指挥全民，负国防之全责。军事委员会设委员7—9人，由中央政治委员会选定，由GM政府特任之。此外，参谋总长、副参谋总长，军令部、军政部、军训部、政治部4部部长及军事参议院院长为当然委员，委员之职责为赞襄委员长筹划国防用兵大计。1月15日GM政府重新任命阎锡山、冯玉祥、李宗仁、程潜、陈绍宽、李济深为军事委员会委员：根据《修正军事委员会组织大纲》规定，参谋总长何应钦、副参谋总长白崇禧、军令部部长徐永昌、军政部部长何应钦，军训部部长白崇禧、政治部部长陈诚、军事参议院院长陈调元为当然委员。

军事委员会内设办公厅。1937年2月17日原主任朱培德病逝；3月6日徐永昌接任主任；1938年1月徐永昌调任军令部部长，贺耀组任主任；

调整后的军事委员会设参谋总长、副参谋总长．原参谋本部和原大本营第一部合

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