和刘仿雄出任副区长，负责分管部门的日常事务。王新衡担任市政府调查处长，陈明翔和刘仿雄担任副处长。

沪市特区本部下辖情报编审科、电讯科、人事科、督查室和总务科等部门，直属第一、第二、第三、第四组、侦查组、学运组、工运组、国际组、浦东组、苏州组、松江组。

整个沪市包括昆山、太仓，分为第一、第二、第三、第四站，特别设立京沪和沪杭两路特别站。

设京沪特别站，负责沪市到金陵沿途无锡、常州、镇江等各城市的情报工作，设沪杭特别站，负责从沪市到杭洲沿途嘉兴、湖州等地市的情报工作，陈明翔兼任两个站的站长。