被认定为楚党，便被以姚宗文、顾慥等为首的御史言官（多为东林党人或亲东林者）群起攻讦弹劾。​而取代他的，竟然是一个擅长治水的文官，时任兵部右侍郎兼右佥都御史、负责巡抚辽东的——袁应泰。

然而，将一个擅长治水的文官，推向对抗努尔哈赤八旗铁骑、关系帝国生死存亡的辽东经略之位，这本身就是一场彻头彻尾的灾难！袁应泰完全不具备主持辽东大局的战略眼光、军事才能和对后金凶猛本质的清醒认识！

而这一切，只因为​袁应泰与东林核心人物（如刘一燝、韩爌、叶向高等）关系密切，被视为“自己人”、“信得过的人”，在党争中属于安全阵营。

最后直接导致沈阳、辽阳这两座辽东最为核心、最为坚固的战略堡垒在极短时间内相继陷落！辽东最精华的地带几乎完全沦入后金之手！无数军民惨遭屠戮！

大明彻底失去了在辽东的战略主动权和大部分防御屏障，只能退缩到山海关一线。熊廷弼一年多的苦心经营毁于一旦，整个辽东局势急转直下，坠入深渊！