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她在拍摄《罗丹的情人》后，阿佳妮一度退出了影坛，她拒绝了《本能》和《不道德的交易》这两部看来能够使她名利双收的影片，而沉浸在了与英国演员丹尼尔戴刘易斯的爱情漩涡中，1995年与丹尼尔戴刘易斯生下第二个孩子，就是卢冲面前这个孩子，《本能》的片约后来给了莎朗斯通，让莎朗斯通真正大红大紫起来，这也是她和莎朗斯通的缘分，可惜没有多久，他们就分手，丹尼尔戴刘易斯则与著名的美国作家阿瑟米勒的女儿丽贝卡米勒结婚，从此还成了妻管严。

2003年，阿佳妮和电影作曲家让米歇尔雅尔恋爱，不过一年后，阿佳妮因为男方绯闻而选择分手。

后来，伊莎贝尔阿佳妮就和她的小儿子隐居在瑞士，很少露面。

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