工部卿、川村纯义海军大辅进一步商议出兵，经太政大臣三条实美同意后进行了编制讨伐部队的准备。19日天皇颁布敕令，正式组成了由两个旅团编成的“征讨军团”，任命有栖川宫炽仁亲王为征讨总督，山县有朋陆军中将、黑田清隆陆军中将、川村纯义海军中将任参军。后征讨军团增至8个旅团，总计有步兵五十五个大队，炮兵六个大队，工兵一个大队，另有辎重兵、骑兵和其他部队，合计58858人。

海军出动十九艘军舰，兵员2280人。