据日本书纪的记载，位于长门国的住吉神社，乃是当年神功皇后摄政的时候，准备对三韩进行征伐时，在面对对面棒子半岛的方向，修建了这座供奉住吉三神的神社。建造的目的是为了祈求掌管海运事业的住吉三神，能够为倭国降下神谕，保佑作战士卒渡海和归途的平安。

住吉神社的创建，是为了保佑当时的军事和海上交通的安全，也是为了体现统治者对住吉神的崇敬。镰仓时代，从源赖朝开始，历代将军都会对住吉神社指定相应的的社领，从而使神社能够接收到足够的进贡。