金庸在1981年与1984年来到中国大陆访问，并先后在北京与邓小平和胡耀邦会谈。

随后1985年香港特别行政区基本法起草委员会宣告成立，金庸作为委员之一，任基本法政治体制起草小组的港方负责人兼经济体制起草小组成员。

因香港政制方案乃基本法中最为核心且争议最大，直至1988年方案尚未成型。1988年，金庸与查济民提出了备受争议的政制协调方案（又称双查方案、主流方案）。

这个方案相对当时各界所提出的众多方案中比较保守，因而被认为有碍民主进程而得不到港人支持，查回港后有各种针对他的示威抗议发生。

实际上查之本意为给民主派李柱铭、司徒华两人留出余地，但当天两人沉默以示抗议，使得最为保守的这一方案得以通过，大出查氏所料。

然中央政府当时认为正是底限所在，故其后作修改并被纳入基本法使用至今。1989年北京发生了89民运。5月20日，首都戒严令发布当天，查良镛辞去基本法草委、谘委职务，结束了从政生涯。

金庸对武力镇压学生表示伤心。同年在《明报》创办三十年庆祝茶会上宣布卸下社长职务，只担任集团董事长。