张香华女士结婚。出狱后柏杨专事写作，其中1983年开始，他开始着手译写《柏杨版资治通监》，以「整体规划。分期出版」的方式发行，至1993年72册全部完成。

1985年《丑陋的中国人》出版，针对华人集体文化和性格上的缺点作出批判和探讨，引发全球华人社会热烈争论，1986年秋中国大陆掀起柏杨热潮，不久，中国学运爆发。*迁怒，柏杨於1987年霎时成为罪犯，其所有着作在中国大陆遭到全面查禁，直到2004年方重新正式授权出版。

柏杨也积极推动有关人权事务，1994年担任国际特赦组织台湾分会创会会长。

自从1994年进行心脏手术，接着一连串大病之后，柏杨的健康每况愈下。2000年5月20日接受*聘任为国策顾问一职。

2006年9月，因为年龄和健康的理由，宣布封笔，不再在公众场合露面和接受访问。同月出版的《柏杨曰》大陆新版序成为其封笔之作。

2006年。柏杨同意将56箱、共计11745件文献、文物捐赠予中国现代文学馆，并於2007年2月6日举行「柏杨捐赠文献文物入藏新闻发布会」正式移交。

另外，柏杨亦为国立台南大学首位荣誉博士，南大柏杨文物馆亦於2007年6月27日开幕，系3月31日捐赠予校方。包括1949年抵台后的重要证书、结婚证书、资治通监手稿、校对稿、杂文手稿等。与北京的藏量等量。

柏杨於2008年2月24日因肺炎并呼吸衰竭住进医院，2008年4月29日凌晨1点12分在台湾新店耕莘医院病逝，享寿88岁。

2008年5月17日，依其遗愿海葬，家属将柏杨骨灰撒入绿岛海域，另留部分骨灰择日带回中国大陆安葬，经过遗孀张香华的努力，柏杨部分骨灰於2010年9月12日被安葬在故乡河南新郑的福寿园陵园。

基督徒，1942年柏杨在偃师时进入一座防空洞躲避空袭，遇到一位拿着圣经的中年妇女，祈求主耶稣保护在防空洞里两个人的平安。在确认这个中年妇女是帮柏杨和自己祷告后，当时柏杨的反应是奚落她的信仰。

十几年后他已从大陆到台湾，某个星期天，他在新竹见到一群基督徒，每个拿着圣经的中年妇女，都好像当年在防空洞中的那位对柏杨传福音的妇女，他身不由己的随着她们走进教堂。从此开始聚会成为基督徒。

柏杨后来曾参加安息日会，甚至在国际青年归主协会函授学校担任过函授教师，与台北仁**路浸信会的齐永培女士有过一段婚姻。

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