消耗大量查克拉而昏迷不醒，团藏借机夺取了火影之位，并前往铁之国参加五影会谈。佐助为了杀死团藏而入侵会场，遭到五影的连续攻击，在千钧一发之际被“阿飞”救走。

“阿飞”宣称自己将要实现“月之眼计划”，并向在场的众人宣告将要发动第四次忍界大战。佐助则在那之后追上了逃离会场的团藏，在一番战斗后将团藏杀死。

为了准备即将到来的大战，并保护八尾和九尾，鸣人被送往云忍者村准备的秘密基地，在那里遇到八尾人柱力奇拉比，并向他学习控制九尾的方法。鸣人在精神世界中遇到母亲玖辛奈，玖辛奈告诉了他关于他出生那天发生的事情，以及九尾入侵木叶的真相。

鸣人在母亲的帮助下成功地控制了九尾，并得到了新的力量，察觉到了暗中潜入此地的鬼鲛的存在。打算逃走的鬼鲛与阿凯交战，被阿凯打倒，为了守护情报而自杀。

这期间，长门听从了杜腾的劝说，和小南出去游玩了一段日子，最终在一天夜里悄悄死去。小南这一次没有带着长门的尸体回到那个他们所成长的地方，而是降长门安顿到了一处不知名的山洞中。不过很可惜，即便如此，他们最终也还是被黑绝发现，然后阿飞找上门来，想要将轮回眼带走。为了保护长门的遗体，小南和阿飞的战斗突然爆发。

小南事先对“阿飞”的忍术进行了深入的研究，做了充分的准备。在成功炸断“面具男”右臂后，小南发动了秘术神之纸者之术，使“面具男”陷入事先准备好的六千亿张起爆符中，纸山纸海，浩浩荡荡，准备将“面具男”炸死。

“面具男阿飞”准备将自己吸收至异空间逃脱，但由于吸收时身体必须实体化，而且吸收自身的速度比较慢，因此小南趁“阿飞”吸收自身之时迅速在“阿飞”身上贴上起爆符引爆，“阿飞”不得已只好放弃吸收转为虚体化躲过爆炸，但虚体化只可维持五分钟左右，而小南的六千亿张起爆符可爆炸达十分钟。

“阿飞”迫不得已只好动用移植来的左写轮眼，发动了宇智波一族的究极禁术——伊邪那岐，将所有爆炸变为虚幻。

在小南以为“面具男阿飞”已经必死无疑之时，“阿飞”从背后用黑棒刺穿了小南。小南奋力反击，无奈不敌。“阿飞”对奄奄一息的小南发动幻术，得知了长门尸体所在，成功夺取轮回眼，而小南则香消玉殒。

小南临死前回忆了小时候三个人和自来也老师一同生活的一段故事，最后带着微笑死去。

她算得上是火影世界又一个悲剧式的人物，不过这和杜腾关系又不大，小南死了没多久，他来到了这里

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