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在条约的第二部分里，玛丽·斯图亚特将在10岁前由英国贵族/绅士（和他的妻子）陪同。之后，玛丽将前往伦敦城居住直到她与爱德华王子结婚。此外，《格林威治条约》还允许苏格兰王国维持其法律。

亨利八世的愿望是好的，他希望英苏可以不使用战争手段结成联盟并最终成为一个王国。可惜，身为安立甘宗最高教会领袖的他在玛丽女王的母亲——法兰西吉斯公爵的长女玛丽·德·吉斯眼中是一个异教徒。

苏格兰的王太后极其不愿意女儿嫁给一个异教徒的儿子。再者，如果她的女儿在没有诞下子嗣前便夭折于英格兰，那么依照条约中的约定，她的权力及整个苏格兰也一起归于英格兰所有。