帖木儿去世后，其后裔立即开始争夺王位的斗争。皮儿8226马黑麻因远在阿富汗，撒马尔罕遂为帖木儿的另一孙子哈里勒所夺据自立为汗。原帖木儿王朝的所有领土，除西波斯以外，都由沙哈鲁统一起来。与此同时，土耳其人、贾拉尔人、土克曼人在西部开始恢复失地。结果，西波斯的帖木儿后裔不久被土克曼人的黑羊王朝所灭，其领土落入黑羊王朝据有亚美尼亚和阿塞拜疆和白羊王朝据有迪亚巴克儿和阿塞拜疆手中。沙哈鲁的控制区只限于河中、阿富汗和波斯东部。

沙哈鲁命其长子兀鲁伯驻撒马尔罕镇守河中，自己则仍以赫拉特为首都。沙哈鲁当政时，波斯、中亚同中国明朝之间，贡使往来不断，官私贸易十分活跃。但沙哈鲁死后，帝国发生内乱。在争位战争中，兀鲁伯被自己的儿子阿卜拉8226拉迪卜所杀，而后者又被兀鲁伯的亲信杀死。河中地区的政权最后落到米兰沙之孙阿布8226赛义德的手中。而呼罗珊地区则被帖木儿次子乌马儿8226沙黑8226米尔扎的后代苏丹8226侯赛因8226拜卡拉所占据。沙哈鲁的王朝遂一分为二。

1451年，阿布8226赛义德8226米尔扎，将大部分的帖木儿帝国旧地统一起来，击败了东部强敌察合台汗国，并且重新将帖木儿帝国的触角伸向了波斯地区。随后其与盟友黑羊王朝统治者贾汗8226沙赫达成协议瓜分波斯。1466年黑羊王朝君主贾汗8226沙赫入侵白羊王朝，被白羊王朝雄主乌宗8226哈桑击败，应贾汗8226沙赫的要求，阿布8226赛义德。米尔扎也加入黑羊王朝一方参与战斗，最终贾汗8226沙赫与阿布。赛义德。米尔扎相继被乌宗8226哈桑击败，1469年阿布8226赛义德8226米尔扎被俘后为乌宗8226哈桑处死。

阿布8226赛义德8226米尔扎死后帖木儿帝国分崩离析，呼罗珊帖木儿王朝为海塞因米尔扎所统治，其余的帝国分为艾哈迈德统治下的布哈拉，撒马尔罕，hssr三地在艾哈迈德死后分裂，乌马尔米尔扎统治下的费尔干纳，马赫穆德统治下的巴尔赫和米尔扎乌鲁哈统治下的喀布尔。1500年，术赤成吉思汗的长子的后裔昔班尼汗率领乌兹别克族游牧部落攻占布哈拉和撒马尔罕，建立乌兹别克布哈拉汗国，帖木儿帝国灭亡。1501年，乌兹别克汗国灭河中帖木儿王朝1507年5月，灭呼罗珊帖木儿王朝。河中地区形成由乌兹别克人建立的封建王朝。

但帖木儿的家族并没有因此全部消失，帖木儿的五世孙巴布尔以喀布尔为根据地力图复辟，失败后

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