兄弟间的矛盾和军民矛盾还不算，慕容宝在选立太子的问题也酿成灾难。

征北大将军、幽平二州州长、清河公慕容会，在弟兄群中，年纪最大，雄伟英俊，有器宇才能，慕容垂对这个孙子，十分喜爱，慕容宝率军讨伐北魏时，慕容垂还让慕容会负责管理太子宫，全权处理所有太子宫事务，对他的礼仪与太子完全相同。

之后慕容垂御驾亲征，又让慕容会镇守龙城，把国东北疆土全交给他，无论公爵府还是司令部、州政府，所有的官员都是第一流的人选，慕容垂甚至在病重时，还特别遗嘱慕容宝，一定要立慕容会为继承人。

但慕容宝却喜欢幼子、濮阳公慕容策，根本没有考虑过慕容会，可是慕容策本年只有11岁，慕容会却已是24岁的成年人了，各自的反应显然有着天壤之别。

长乐公慕容盛与慕容会同岁，不愿当他的臣下，于是和慕容麟一同劝告慕容宝封慕容策为太子，慕容宝再顺水推舟地于8月4日，正式下诏，立妃段氏为皇后，慕容策为皇太子，慕容会和慕容盛都晋封亲王。

慕容会对此大为怨恨，开始有意无意地与朝廷对抗。

9月，章武王慕容庙护送慕容垂和成哀皇后段元妃的灵柩到龙城的宣平陵安葬，慕容宝下诏给慕容庙，让他把高阳王慕容隆的幕僚官员，以及全部属家眷，全都接回中山，慕容会对这项诏书阳奉阴违，留下很多慕容隆的幕僚部属，不放他们回京，而且找到机会，就羞辱慕容宙这位叔祖父，丝毫不把司马宝的政令当回事。

所有这些明的暗的混乱因子，随着北魏的入侵，全都爆发出来，最终把后燕推到了覆灭的边缘。