称“内三院”，负责撰拟诏令、编纂史书、掌管和起草对外文书与敕谕、讲经注史、颁布制度等。稍后，又建立了都察院，改蒙古衙门为理藩院。皇太极通过这套政权机构，把权力集中到自己的手中。

天聪汗皇太极领大军远征擦哈儿莫南。不料林丹汗闻悉率部民逃遁，于是转大军西进掠劫一翻得汉民财物数十万，归师途中获密报，又命胞兄阿巴尔，七弟阿格齐分兵一万，远袭。不料大军覆没。，只几十骑仓皇而归。

于数日后在沈阳称帝，上尊号“宽温仁圣皇帝”，改国号为大清，仿照明制，逐步建立和完善国家统治机构，以取代八旗制度所行使的国家权力。

他虽继承了汗位，但实际上在这之前自己是同代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒“按月分值”政务。权力分散，事事掣肘，徒有“一汗虚名”。

队伍渐渐远去，满天盘旋的秃鹰纷纷落下在大地上啄食着残渣肉屑，野狗围着用石灰水泥筑城的京观直打转，九千多颗人头栩栩如生，死死的嵌在墙里，五米多高的石碑上清晰的书写着“犯我大明者，虽远必诛”九个血红大字。

加封孔有德恭顺王、耿仲明怀顺王、尚可喜智顺王，清初“三顺王”由此诞生，皇太极借此拉拢汉军旗弥补自己军权的不足。

亦知胞弟被掳生死不明，族人惨筑京观，血气上涌，喷出数升，口言“伐明又增第八恨也，不屠戮沈家小儿满门，此恨永难消！”

权利争斗的残酷让他不得不放慢了征战的脚步。

隐隐之中皇太极感觉经此一战自己更加的力不从心，面临的形势十分严峻。外部受到明朝、蒙古、朝鲜的包围，处境孤立。内部由于贵族分权势力的矛盾、冲突日益严重。